Misija Pomorskog odjela je da se provode kvalitetna znanstvena, razvojna i strucna istraživanja, posebice programi od gospodarskog interesa za regiju i za Republiku Hrvatsku. Pomorski studiji (Nautika i Brodostrojarstvo) omogucuju da se ustrojavanjem temeljnih kolegija struke s izbornim kolegijima, prilagodljivih sadržaja održava suvremenost studija i odgajaju inženjeri buducnosti koji ce biti spremni uspješno djelovati u brzo promjenljivoj radnoj okolini. Pomorski odjel osigurava mogucnost mobilnosti svojih studenata i nastavnika, racionalno korištenje ljudskih i materijalnih resursa, razvoj multidisciplinarnih znanstveno-nastavnih djelatnosti te nadzor i stalni rast kvalitete,konkurentnosti i medunarodne kompetitivnosti nastavnog, znanstvenog i strucnog rada. Pomorski odjel je pristupio izradi i ustrojavanju studijskih programa na nacin da se studentima olakša akademsko i profesionalno priznanje predmeta, diploma i ostalih postignuca kako bi se ucinkovito mogli koristiti svojim kvalifikacijama, kompetencijama i vještinama u cijelom Europskom prostoru visokog obrazovanja. Uz to, specificna je odlika studija: obavezna uskladenost s medunarodnim standardima te usporedivost sa studijskim programima slicnih visokih lišta u svijetu i Europskoj uniji, izrazita multidisciplinarnost, prožetost znanosti i struke. Sveucilište u Zadru, a time i Pomorski odjel ustrajava na nacelu da visoko obrazovanje javna odgovornost, posebice kroz ustroj i djelovanje u integriranom sveucilišnom sustavu. Držeci se tog nacela, studijski program omogucuje studentima stjecanje kvalifikacija kojima se mogu koristiti u svrhu profesionalnog angažmana u Republici Hrvatskoj i inozemstvu.